做miRNA的预测怎么从数据库选取已知的miRNA及其靶基因,新手求教,最好详细的说下操作步骤,

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/03/29 16:55:11
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targetscan这个网站 不过上面都是预测的靶基因 mirbase上有已经报道证实的靶基因

如果是要初步的筛选,最好用至少3个数据库进行预测,然后取共有的target gene进行下一步的验证,常用的数据库有targetscan,RNA22,mirbase,PITA,microcosom等等

我来晚了一点。如果着重于已知miRNA-靶基因对,targetscan并不适用。推荐两个网站提供此类信息:
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/DianaToolsNew/index.php?r=tarbase/index
http://www.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/index.html